Comuna Nicşeni este aşezată la Nord de municipiul Botoșani, pe drumul județean 296, care face legătura între municipiul Botoșani și Gara Vorniceni.

Zona geografică:
Podișul Moldovei, între bazinele râurilor Jijia și Sitna Vecini:
N – comunele Ungureni și Corlățeni
NV – comuna Dimăcheni
S și SV – Comuna Roma
E- comuna Unteni
​S – E comuna Răchiți